تسعى إدارة الميناء إلى تطوير وتحديث الميناء من خلال الموازنة الاستثمارية لعام 2006م والتي تبلغ (18) مليون دينار ممولة من شركة تطوير العقبة وتتضمن مجموعة من المشاريع أهمها إنشاء وصيانة الأرصفة وشراء آليات جديدة ومعدات لمناولة البضائع.
بالإضافة إلى المشاريع التي تنفذها المؤسسة حاليا ومنها مشروع صيانة الأرصفة من 3-6 بكلفة مليون دينار، ومشروع صيانة رصيف الفوسفات 2 بكلفة (400) ألف دينار ، وإحالة عطاء لشراء رافعة بقدرة 5 طن عدد (20) بكلفة (250) ألف دينار ، وتأهيل مداخل الميناء بما يتفق مع المدونة الدولية لأمن السفن والمرافق المينائية.
كما تم حوسبة أعمال الميناء بحيث توفر الجهد والوقت لإنجاز المعاملات بحيث تصل في النهاية إلى تطبيق النافذة الواحدة للتعامل ، بالإضافة إلى تأهيل القوى البشرية العاملة في الميناء والذي هو خيارا إستراتيجيا كون أن الإنسان هو الاستثمار الحقيقي حيث تم إيفاد (569) موظفا وعاملا في دورات متخصصة في مجال عمل الموانئ.
إن إدارة المؤسسة تتبع الآن إلى شركة تطوير العقبة حيث صدرت عدة قرارات تهدف إلى تحسين العمل في الميناء كربط الإدارة بالأهداف وفصل الإدارة عن الملكية مما يتيح المجال أمام استثمارات متعددة في الميناء حاليا ومستقبليا.
المحطات الرئيسية بالميناء :
(أ) محطة الحاويات :
المساحة الكلية : 470000 متر2
الطاقة الاستيعابية 650 ألف حاوية مكافئة .
(ب) محطة الحبوب :
المساحة الكلية 36113 متر2 .
الطاقة الاستيعابية : 150000 طن.
عدد الصوامع ( المخازن ) :
(ج) محطة تداول الخامات البترولية / غاز مسال
المساحة الكلية 17500 متر2.